Als Markgraf Friedrich der Strenge 1349/50 seine Besitzungen in einem Lehnbuch auflistete, wurde unser Ort erstmals unter dem Namen „Bel“ erwähnt (die Bezeichnung „Weinböhla“ ließ noch etwa 180 Jahre auf sich warten). Es ist anzunehmen, dass in diese Zeit auch der Bau einer Dorfkirche fällt. Während die Nachbarkirchen Niederau und Oberau bereits 1495 in einer Matrikel erwähnt wurden, fehlt dort ein Name, der auf unseren Ort hindeuten könnte. Deshalb ist anzunehmen, dass Weinböhla damals von Niederau oder Oberau betreut wurde, also zu dieser Zeit noch keinen eigenen Pfarrer hatte.

Die Vorgängerkirche unserer heutigen Kirche stand an gleicher Stelle. Sie wurde wahrscheinlich als Wehrkirche errichtet. Die Mauern des Turmes waren über einen Meter stark. Wenn auch ein genaues Datum für die Erbauung nicht feststellbar ist, so kann man doch mit Sicherheit sagen, dass diese Kirche vor der Einführung der Reformation in Sachsen (1539) erbaut wurde. Davon zeugten ein vorreformatorischer Flügelaltar von 1503 mit der Darstellung des Heiligen Martin und ein 5 m hohes steinernes Sakramentshaus von etwa 1480. Beide an katholische Zeit erinnernde Stücke würden heute, schon aus kunsthistorischer Sicht, mehr beachtet. Im Jahre 1827 hingegen wurden sie anlässlich einer Kirchenrenovierung ausgebaut und ins Altertumsmuseum Dresden (Palais Großer Garten) gebracht.

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Der Altar kam später ins Meißner Stadtmuseum, befand sich danach in der Martinskapelle auf dem Meißner Plossen und steht jetzt – renoviert – in der St.-Afra-Kirche zu Meißen. Das alte Sakramentshaus hingegen ist beim Bombenangriff auf Dresden am 13. Februar 1945 mit vernichtet worden. 

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Nahe bei der Kirche stand auch in früherer Zeit das Pfarrhaus. Ein Fachwerkbau von 1754 wurde – wie die Kirche – 1894 unter Theodor Quentin durch das heutige Pfarrhaus ersetzt. Die Umfassungsmauer des Pfarrgartens ist das älteste noch erhaltene Bauwerk im Kern Weinböhlas. Sie wurde 1575 als Einfriedung des damaligen Pfarrgutes errichtet.

Ein Umbau oder Neubau der alten Kirche wurde etwa seit 1880 erwogen. Die kleine Dorfkirche war der stetig steigenden Einwohnerzahl nicht gewachsen, erfüllte die Sicherheitsanforderungen nicht, war zudem durch Blitzschlag und Schwammbefall geschädigt. Als am 11. Juni 1892 erneut der Blitz einschlug und erheblichen Schaden anrichtete, wurde einem Neubau der Kirche der Vorzug gegeben.

So erfolgte im August 1893 die Sprengung des alten, wehrhaften Kirchturms. Im Oktober 1893 war die Grundsteinlegung für die neue Kirche. Ein knappes Jahr später, im September 1894, konnten die Glocken geweiht werden.

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Am 24. März 1895, am Sonntag Lätare („Freue dich!“), wurde unsere Kirche nach nur 18-monatiger Bauzeit geweiht. Sie ist im neugotischen Stil unter dem Kirchenbaumeister Theodor Quentin, einem bekannten und erfolgreichen Architekten dieser Zeit (Johanneskirche Meißen, Kirche in Mauersberg, Gröditz u.v.m.) erbaut worden.